Гасфилд Дэн. Строки, деревья и последовательности в алгоритмах. Информатика и вычислительная биология

Пер. с англ. И. В. Романовского. — СПб.: Невский Диалект; БХВ-Петербург, 2003. — 654 с.: ил.Книга написана на основе лекций, которые автор читает в Университете Дэвиса, Калифорния.В ней впервые подробно излагается круг математических вопросов, связанных с применением математики и информатики в задачах вычислительной молекулярной биологии. В этом направлении за последнее десятилетие накопилось целое море фактов, в том числе замечательных новых постановок задач, теоретических исследований и данных. Предлагаемая книга - их первое систематическое изложение.Книга полезна научным работникам, студентам многих специальностей (не только по молекулярной биологии и по информатике) и даже старшеклассникам, которые захотят самостоятельно познакомиться с современными алгоритмами обработки практической информации. Она станет хорошим подарком талантливому подростку.Алгоритмы на строках — традиционно важная область исследования в области информационных технологий, в последние годы становится все более важной частью биологии, в особенности генетики. Эта книга является комплексным взглядом на машинные алгоритмы для обработки строк. Дополнительно к чисто компьютерным вопросам, Гасфилд предлагает развернутое обсуждение проблем современной биологии и подходов к их решению. Это пособие выделяет основные идеи и методики, занимающие центральное место в разработке современного программного обеспечения. С более чем 400-ми упражнениями для закрепления материала и проработки дополнительных тем, книга подходит в качестве руководства для студентов старших курсов и выпускников по направлениям: информационные технологии, вычислительная биология, биоинформатика.Предисловие
Точное совпадение строк основная задача
Точное совпадение
Точное совпадение классические методы
Более глубокий взгляд
Получисленное сравнение строк
Суффиксные деревья и их использование
Введение в суффиксные деревья
Построение суффиксных деревьев за линейное время
Первые приложения суффиксных деревьев
Общий наименьший предшественник
Дополнительные приложения суффиксных деревьев
Неточное сопоставление, выстраивание последовательностей и динамическое программирование
Значение сравнения (под)последовательностей
Ядро методов редактирования строк и выстраивания
Улучшение процедур выстраивания
Развитие основных задач
Сравнение многих строк — Святой Грааль
Базы данных для последовательностей
Другие задачи текущие, родственные и просто изящные
Карты, картирование, упорядочение и надстройки
Строки и эволюционные деревья
Три короткие темы
Модели мутаций на геномном уровне
Эпилог
Библиография
Толковый словарь
Англо - русский словарь терминов
Предметный указатель